Autorem zdjęć do filmu jest John Schwartzman. Zastąpił on Amira M. Mokri.
Ben twierdzi, że wyrażenie "your name is mud" pochodzi z czasów życia doktora Samuela Mudda, który kierował opieką medyczną zabójcy Lincolna - Johna Wilkesa Bootha. Twierdzenie to było jednak znane już 30 lat wcześniej i opierało się na przestarzałym użyciu wyrazu "mud" oznaczającego "głupią osobę".
W scenie rozgrywającej się przy ołtarzu w Złotym Mieście widać napis w języku chińskim, który był kompletnie niepowiązany z językiem Olmeków.
Według badań przeprowadzonych przez FBI w dzienniku Bootha brakowało 43 kartek, czyli 86 stron, a nie 18 jak powiedziano w filmie.
Po tym jak John Wilkes Booth zostaje poproszony o opuszczenie baru, tuż przed zabójstwem Lincolna, jest pokazane jak jedzie konno do Ford's Theatre. W rzeczywistości bar i Ford's Theatre sąsiadują ze sobą.
Olmekowie nigdy nie składali ofiar z ludzi.
Starożytni Omlekowie nie znali złota. Dopiero kilkaset lat później zostało ono odkryte i na większą skalę wykorzystane przez późniejsze kultury.
W filmie jest powiedziane, że statek sławnego hiszpańskiego odkrywcy Cabazy de Vaca rozbił się u wybrzeży Florydy. W rzeczywistości katastrofa miała miejsce w pobliżu Galveston w Teksasie.
W jednej ze scen bohaterowie jadą w kierunku ciężarówki z piwem, jednak w następnym ujęciu, ciężarówka jedzie innym pasem i to w przeciwnym kierunku.
W scenie, kiedy bohaterowie odkrywają podziemną jaskinię i chcą powstrzymać zalewającą ją wodę, w kolejnych scenach pochodnię trzyma Ben, potem Riley, aż w końcu znika ona całkowicie.
Podczas pościgu samochodowego w Londynie, w ujęciu z wnętrza jednego z aut widać, że tylna szyba jest całkowicie rozbita. Jednak w ujęciu z zewnątrz widzimy, że część szyby jest na swoim miejscu.
W scenie w Gabinecie Owalnym, przez okno usytuowane na lewo od biurka widać krzewy i drzewa, podczas gdy w rzeczywistości wychodzi ono na kryty taras z kolumnami.
Kiedy Riley Poole podpisuje swoją książkę zostaje odholowane jego Ferrari F430 Spider, natomiast pod koniec filmu zostaje mu oddane Ferrari 360 Spider, takie samo jakie kupił w części pierwszej.
Zdjęcia do filmu kręcono w Londynie (Anglia, Wielka Brytania), Paryżu (Francja), Los Angeles, Południowej Pasadenie, Universal City, Beverly Hills, Santa Clarita (Kalifornia, USA), nad jeziorem Sylvan, w okolicach góry Mount Rushmore (Dakota Południowa, USA), w Alexandrii, Mount Vernon (Wirginia, USA), College Park (Maryland, USA) oraz Waszyngtonie (Dystrykt Kolumbii, USA).
Helen Mirren odtwórczyni roli Emily Appleton została zaproszona na prywatną audiencję u Królowej Elżbiety II, lecz nie mogła przybyć na spotkanie ponieważ kręciła zdjęcia do filmu.
Kopia filmu została dostarczona do kin pod sfałszowanym tytułem "Cynamon".
W jednej ze scen w tle pojawia się znak firmy zajmującej się handlem nieruchomościami - Segars' Realty. Jest to nawiązanie do jednego z producentów wykonawczych filmu Charlesa Segarsa.
Walt Disney, którego wytwórnia uczestniczyła w produkcji Skarbu Narodów był masonem. Już jako nastolatek został członkiem Order of DeMolay - organizacji młodzieżowej silnie związanej z wolnomularstwem. Obydwie części Skarbu Narodów promują pozytywny wizerunek masonerii.
Zdjęcia do filmu trwały od 5 marca do czerwca 2007 roku.